Мал эмнэлгийн лаборатори нь дараах үндсэн зорилгын хүрээнд үйл ажиллагаагаа явуулж байна. Үүнд
Мал, амьтны гоц халдварт, халдварт, паразит, халдваргүй хордлогот өвчнийг илрүүлэх, тандах, оношлох, онош баталгаажуулах
Экспорт, импортын мал, амьтны гаралтай бүтээгдэхүүн, түүхий эд, тэжээлд мал эмнэлэг ариун цэврийн магадлан шинжилгээ хийж баталгаа гаргах
Мал эмнэлгийн оношлогоо, шинжилгээнд шинэ арга, технологи нэвтрүүлэх, сүлжээ лабораторийг мэргэжлийн арга зүй, мэдээллээр хангах, малын эмч, лабораторийн шинжлэгч эмч нарыг нарийн мэргэшлээр сурган дадлагажуулах
Улсын хэмжээнд Мал эмнэлгийн чиглэлээр 25 (төрийн) лаборатори үйл ажиллагаа явуулж, түүнээс 16 MNS ISO/IEC 17025:2018 итгэмжлэлтэй байна.
Энэхүү итгэмжлэл нь байгууллагуудын чадавх, бие даасан, хараат бус байдал, хэрэглэгч өөрийн хэрэгцээнд тохирсон сорилт, хэмжилт, шалгалт тохируулга, баталгаажуулалтын үйлчилгээг сонгох боломжийг олгодог. Мөн тодорхой үйл ажиллагааг гүйцэтгэх мэргэжлийн байгууллагыг тодорхойлсон хөндлөнгийн этгээдийн баталгаа юм.
МЭЕГ-аас мал эмнэлгийн сүлжээ лабораторийн итгэмжлэлд шаардлагатай зардал, лабораторийн сургалт, багаж тоног төхөөрөмж, оношлуур, эм урвалж, барилга байгууламжийн засварын зардлыг шийдвэрлэн ажилладаг.
